Основная причина полезности и эффективности клинических протоколов заключается в том, что они создаются на принципах доказательной медицины, то есть используются результаты самых качественных клинических исследований и самых достоверных научных доказательств. Подготовка протоколов подразумевает серьезную и ответственную работу, использование всего научного и медицинского потенциала страны, централизованное руководство процессом и неуклонное следование установленным международным критериям.

26 октября 2007 года Министерство Здравоохранения Азербайджана своим распоряжением №173-S «О составлении клинических протоколов» поручило подготовку клинических протоколов Центру Общественного Здравоохранения и Реформ (ЦОЗР). Для претворения в жизнь этого распоряжения со стороны ЦОЗР на начальном этапе работы была организована научно-практическая конференция, посвященная вопросам доказательной медицины и разработке клинических протоколов, а также проведены тренинги по этой теме. При сотрудничестве с организацией Abt Associates был составлен подробный словарь терминов по доказательной медицине, переведен на азербайджанский язык опросник по клиническому руководству, экспертизе и оценке протоколов, составленный международным сообществом AGREE.

Написание клинических протоколов осуществляется в соответствии с «Правилами написания клинических протоколов в Азербайджанской Республике», утвержденными приказом Министерства Здравоохранения №160 от 24 ноября 2008-го года. Во время подготовки этих правил были приняты во внимание опыт развитых стран в этой области, учтены местные особенности, использованы советы ведущего специалиста России в области доказательной медицины, профессора Московской Медицинской Академии В.В.Власова. Для разработки клинических протоколов ЦОЗР-ом были выбраны приоритетные темы и по каждой теме сформированы организационные экспертные группы из профессорско-педагогического состава Азербайджанского Медицинского Университета и Азербайджанского Государственного института усовершенствования врачей им. А.Алиева, главных специалистов Министерства Здравоохранения, членов профессиональных медицинских ассоциаций и представителей международных организаций. Разработанные клинические протоколы утверждаются решением коллегии Министерства Здравоохранения.

В настоящее время продолжается разработка новых клинических протоколов и обновление ранее изданных. Работа ведется на регулярной основе.