Klinik protokolların səmərəliliyini təmin edən əsas cəhət, onların tərtib edilməsinin sübutlu təbabət prinsiplərinə əsaslanmasıdır, yəni mövcud olan ən keyfiyyətli klinik tədqiqatların təqdim etdiyi ən etibarlı sübutlardan istifadə olunmasıdır. Protokolların hazırlanması ciddi və məsuliyyətli iş olub, ölkənin bütün elmi-tibbi potensialından istifadə edilməsini, prosesin bir mərkəzdən idarə olunmasını və dünyada qəbul edilmiş meyarlara uyğun şəkildə aparılmasını nəzərdə tutur.

Azərbaycanda klinik protokolların tərtib edilməsi Səhiyyə Nazirliyinin 26 oktyabr 2007-ci il tarixli 173-S saylı sərəncamı ilə İctimai Səhiyyə və İslahatlar Mərkəzinə (İSİM) həvalə edilmişdir. Bu fəaliyyətin həyata keçirilməsi gedişində İSİM tərəfindən sübutlu təbabət və klinik protokolların tərtib edilməsi məsələlərinə həsr edilmiş elmi-praktik konfrans təşkil edilmiş, həmin mövzularda təlimlər keçilmişdir. Abt Associates təşkilatının dəstəyi ilə sübutlu təbabət terminlərinin izahlı lüğəti tərtib edilmiş və AGREE beynəlxalq əməkdaşlığı tərəfindən klinik rəhbərlik və protokolların ekspertizası və qiymətləndirilməsi üçün hazırlanmış sorğu vəsaiti Azərbaycan dilinə tərcümə olunmuşdur.

Klinik protokolların tərtib olunması Azərbaycan Respublikası Səhiyyə Nazirliyinin 24 noyabr 2008-ci il tarixli 160 saylı əmri ilə təsdiq edilmiş "Azərbaycan Respublikasında klinik protokolların tərtib edilmə Qaydaları" əsasında həyata keçirilir. Həmin qaydaların hazırlanması zamanı inkişaf etmiş ölkələrin bu sahədə təcrübəsi və yerli xüsusiyyətlər nəzərə alınmış, Rusiyanın sübutlu təbabət üzrə aparıcı mütəxəssisi, Moskva Tibb Akademiyasının professoru V.V.Vlasovun məsləhətlərindən istifadə olunmuşdur. Klinik protokolların tərtib edilməsi üzrə işin başlanması üçün İSİM-də prioritet mövzular seçilmiş, hər bir mövzu üzrə Azərbaycan Tibb Universiteti və Ə.Əliyev ad. Azərbaycan Dövlət Həkimləri Təkmilləşdirmə İnstitutunun professor-müəllim heyəti, Səhiyyə Nazirliyinin baş mütəxəssisləri, peşəkar tibb assosiasiyaları və beynəlxalq təşkilatların nümayəndələri cəlb edilməklə tərtibçi ekspert qrupu təşkil edilmişdir. Tərtib edilmiş klinik protokollar Səhiyyə Nazirliyi tərəfindən təsdiq olunmuşdur.

Hal-hazırda yeni klinik protokolların hazırlanması davam etməkdədir və həmin işin daimi əsasda aparılması nəzərdə tutulur.