Epidemiologiya şöbəsinin vəzifələri:

• Səhiyyədə keyfiyyətin idarə olunması sistemində normativ sənədlərin işlənilməsi və tətbiq edilməsi (o cümlədən tibbi yardım standartlarının, xəstəliklərin idarə olunması/müalicəsi sahəsində sübutlu təbabətə əsaslanan Klinik protokolların tərtib edilməsi/təkmilləşdirilməsi, özünə məxsus olan klinik tədqiqatların, o cümlədən klinik-iqtisadi təhlillərin aparılması. 
• Səhiyyə sisteminin Klinik protokollara əsaslanan qiymətləndirilməsi üçün yeni vasitələrinin.
• Sübutlara və klinik-iqtisadi təhlilə əsaslanan tibbi konsepsiya üzrə tibbi texnologiyaların qiymətləndirilmə üsullarının formalaşması;
• Tibbi texnologiyaların rasional istifadə edilməsi sisteminin təkmilləşdirilməsi;
• Standartlardan və keyfiyyət indikatorlarından, tərəfdar rəhbərlik prinsiplərindən istifadə etməklə səhiyyə sisteminin müxtəlif səviyyələrində tibbi yardımın keyfiyyətinin qiymətləndirilmə (və özünü qiymətləndirmə) üsullarının tətbiq olunmasında metodik köməyin göstərilməsi;
• Tibb təşkilatları səviyyəsində tibbi yardım standartlarının formalaşma üsullarının işlənib hazırlanmasında köməyin göstərilməsi (sübutlu təbabətə və klinik-iqtisadi təhlilə əsaslanaraq).
• Şöbənin fəaliyyəti zamanı aidiyyəti məsələlərin müzakirəsi üçün əlaqələndirici qrupların (o cümlədən müəssisələrarası) yaradılması, elmi və digər təşkilatlardan müvafiq qaydada elmi işçilərin və mütəxəssislərin cəlb olunmasında iştirak edilməsi