İlkin səhiyyənin təşkili şöbəsinin vəzifələri:

1. Səhiyyə sahəsində dövlət proqramları və layihələr üzrə tədbirlərin həyata keçirilməsi;
2. İSİM-in iş planları, layihələri və təkliflərinin hazırlanmasında iştirak etmək;
3. Normativ və digər sənədlərin layihələrinin (təlimat, metodik vəsait və s.) hazırlanması;
4. İlkin səhiyyə səviyyəsində tibbi profilaktika işinin təkmilləşdirilməsi və profilaktik tədbirlərin həcminin artırılmasının təşkili,
5. İlkin səhiyyə xidmətləri göstərən müəssisələr üçün klinik protokolların, metodik tövsiyələrin hazırlanması;
6. İlkin səhiyyə xidmətləri göstərən müəssisələrin işçiləri üçün təlimlərin təşkili və keçirməsi;
7. İlkin səhiyyə səviyyəsində sağlamlıq göstəricilərinin qiymətləndirilməsi məqsədi ilə vaxtaşırı məlumatları toplanması və təhlili, nəticələr əsasında məqsədyönlü tədbirlərin planlaşdırılması və həyata keçirilməsi;
8. Səhiyyə və qeyri-səhiyyə sektorlarında beynəlxalq, dövlət və qeyri-hökumət təşkilatları ilə əməkdaşlıq edərək ilkin səhiyyə xidmətlərinin gücləndirilməsi üzrə tədbirlərin/layihələrin həyata keçirilməsi;
9. İlkin səhiyyədə islahatlar və göstərilən xidmətlərin keyfiyyətinin yaxşılaşdırılması