Layihələrin əlaqələndirilməsi şöbəsinin vəzifələri: 

• Dövlət Proqramlarında qeyd olunan əsas istiqamətləri rəhbər tutaraq, o cümlədən Səhiyyə Nazirliyinin prioritetlərini nəzərə alaraq əhalinin səhiyyə sahəsində maarifləndirməsi istiqamətində zəruri tədbirləri, layihələri həyata keçirmək;
• Səhiyyə sahəsində islahatlarla bağlı səhiyyə işçilərinin biliklərinin təkmilləşdirilməsi istiqamətində tədbirlər və layihələr həyata keçirmək;
• İSİM-in İş Planında nəzərdə tutulan tədbirlərin həyata keçirilməsində digər dövlət, geyri-hökumət və beynəlxalq təşkilatlarla əməkdaşlıq etmək;
• İSİM-in İş Planında nəzərdə tutulan tədbirlərin icrasına vətəndaş cəmiyyəti institutlarının cəlb edilməsi üçün əməkdaşlıq etmək;
• İSİM tərəfindən həyata keçirilən layihələrin keyfiyyətli icrasına nəzarət etmək, tövsiyələr vermək;
• Layihələr çərçivəsində nəzərdə tutulmuş fəaliyyət sahələri üzrə xülasə, məqalə və hesabatlar hazırlamaq;
• İSİM-in İş Planına əsasən nəzərdə tutulmuş işlərlə bağlı məsləhətləşmələr və layihələrin cari vəziyyətinin qiymətləndirilməsini aparmaq;
• İSİM-in İş Planında nəzərdə tutulan fəaliyyətlərin koordinasiyasını həyata keçirmək;
• İşçi görüşlərin və təlimlərin təşkil etmək;
• İSİM tərəfindən həyata keçirilən təlim, sorğu və monitoriq materiallarının hazırlanmasında iştirak etmək;
• Dövlət Proqramlarında qeyd olunan ictimai səhiyyə mövzularında maarifləndirmə tədbirləri, görüş, aksiya, dəyirmi masa və forumlar təşkil etmək və keçirmək;
• İSİM tərəfindən tərtib olunmuş və Səhiyyə Nazirliyi tərəfindən təsdiq edilmiş klinik protokolların tətbiq edilməsi üçün layihələri həyata keçirmək;
• Xəstəliklər barədə məlumat səviyyəsini müəyyənləşdirmək məqsədi ilə əhali arasında sorğuların aparmaq, nəticələri təhlil etmək və əhaliyə KİV-lər vasitəsi ilə məlumat çatdırılmasını təşkil etmək;
• Səhiyyə təşkili, səhiyyə islahatları və ictimai səhiyyə sahəsində konfranslar, seminarlar, praktik məşğələlər, təlimlər və s. təşkil etmək;
• İSİM-in fəaliyyətinə dair beynəlxalq konfrans, seminar və təlimlərdə iştirak etmək və yeniliklərin tətbiqi üçün beynəlxalq təşkilatlarla əməkdaşlıq etmək.